集群上使用 SparCC

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因为该软件需要依赖特定版本的 python 和 特定版本的库，所以使用虚拟环境是一种比较省力的选择，尤其是在比较复杂而且不是自己可控的集群环境下;

脚本如下, 待完善

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#设置 conda 默认虚拟环境安装路径
conda config  --add envs_dirs yourPath
conda config  --add pkgs_dirs yourPath
export PATH=condaPath:$PATH #到 bin 即可

#然后进行安装
conda create --name SparCCEnv python=2.6.9
source activate SparCCEnv
conda install numpy=1.9.2
conda install pandas=0.16.2

#第三方使用
cp yourhomePath/.condarc homePath #将上一步安装者 home 路径下的 condarc 文件拷贝到第三方的 home 下
export PATH=condaPath:$PATH #到 bin 即可
source activate SparCCEnv #进入虚拟环境

#使用脚本运行，下边这个脚本是我自己写的 如有需要可以联系我
python run_sparcc.py profile.xls mgs Outdir

#退出虚拟环境
source deactivate

参考链接

  1. SparCC_bitbucket
  2. SparCC · hallamlab/utilities Wiki · GitHub
  3. yonatanf / SparCC / issues / #18 - Error: tuple index out of range — Bitbucket
  4. Inferring Correlation Networks from Genomic Survey Data
  5. GitHub - zdk123/SpiecEasi: Sparse InversE Covariance estimation for Ecological Association and Statistical Inference
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