人类肠道细菌分离培养物种库 + 纵向多组学数据促进微生物组机制研究

A library of human gut bacterial isolates paired with longitudinal multiomics data enables mechanistic microbiome research

打算采用『如何阅读一本书』里提及的方法，用于阅读文献，理论指导实践，看看效果

一、文章\书大体上是在谈什么？

按照种类和主题分类

肠道微生物；宏基因组；数据库；

用最简短的句子说出整本书/文献在谈什么

构建了一个微生物数据库，包含 7758 个肠道菌株，以及相应的 3632 个基因组，同时包含了部分纵向对组学的数据。结果发现：

在个体之内和之间微生物物种维持稳定数量；
天的平均数据的多组学研究方法更加可靠；
体内的肠道代谢物变化和氨基酸水平相关；
不同个体（人群）之间的差异和胆汁酸差异有关；
基因组变化可用于推测个体内菌株共进化动态和体内的选择压力（个体内的菌株）；

按照顺序和关系，列出全书的重要部分。将全书的纲要拟出来以后，再将各个部分的纲要也一一列出来

1. 分离培养大量肠道细菌用于体外或者体内验证机制假说

Isolation of an extensive collection of gut bacterial isolates for in vitro and in vivo testing of mechanistic hypotheses

1.1 从 OpenBiome 供体提取构建分离培养物种库，以覆盖肠道细菌的多样性

Building a library of isolates that cover the diversity of gut bacteria from OpenBiome donors

1.2 BIO-ML 包含多种和人类健康相关的物种

The BIO-ML contains diverse taxa associated with human health

2. 从分离培养的基因组中推测生态学和进化多态性

Ecology and evolutionary dynamics inferred from isolate genomes

2.1 BIO-ML 分离培养基因组的质量和多样性

Quality and diversity of BIO-ML isolate genomes

2.2 对乙醇的抗性比之前认为的更加广泛（物种），而且不限于孢子形成物种

Resistance to ethanol (乙醇) is more widespread than previously thought and not restricted to spore-formers

2.3 分类培养基因组的大量取样揭示了肠道共生菌长期和短期的进化

Extensive sampling of isolate genomes reveals the long- and short-term evolution of gut commensal bacteria.

3. FMT 供体的高精度基因组时间序列

High-resolution genomic time series from FMT donors

4. 基于宏基因组和 16S 的时间序列数据改善了丰度估计和生态学推测

Time-series data improve abundance estimations and ecological inferences from metagenomic and 16S data

5. 个体内细菌基因组的多样化和生活-历史特征与肠道生态系统的生态稳定性和扰乱相关

Bacterial genomic diversification within individuals and life-history traits are associated with ecological stability and disturbance of the gut ecosystem

6. 个体间粪便代谢组的胆汁酸谱有差异，而个体内的变化大部分是氨基酸导致的

Donor fecal metabolomes can be distinguished by their bile- acid profiles, while within-donor variation is driven largely by amino acids.

作者在问的问题或者想要解决的问题

肠道微生物和人类宿主的相互作用研究受限于缺乏纵向队列研究数据（探索其稳定性和动态变化），而且分离培养的菌株太少无法用于验证机制假说

二、文章/书📚的详细内容是什么？是如何写出来的？

由于好多地方没大看懂… 所以这部分先略过吧…. hhhhh；我大概只做到了检视阅读吧…
属于我不擅长的阅读内容

三、这是真实的吗？有意义吗？像是沟通知识一样的评论一本书

还没有到这种水平… (⇀‸↼‶)

To be continued…