Linux 集群安装 MetaPhlAn3.0

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官方链接

https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/tree/3.0

按照官方教程使用 conda 进行安装。

安装代码

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# 需要能够连接网络的集群环境
# 安装命令，指定安装目录
conda install -c bioconda metaphlan --prefix=yourpath/ 

# 由于某些原因，会发生报错：ondaHTTPError: HTTP None None for url <https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-64/repodata.json>
Elapsed: None

An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
ProxyError(MaxRetryError("HTTPSConnectionPool(host='conda.anaconda.org', port=443): Max retries exceeded with url: /bioconda/linux-64/repodata.json (Caused by ProxyError('Cannot connect to proxy.', timeout('timed out',)))",),)

# 解决办法如下：修改 home 目录下的 .condarc 文件如下，详细参考下边的链接
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
show_channel_urls: true

如果不行，按照参考链接设置其他的镜像链接

参考链接

CondaHTTPError: HTTP None None for url
conda httperror http none none for url none Anaconda更新失败

(✪ω✪)