Linux 集群安装 HUMAnN 3.0

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HUMAnN 3.0 官方链接

http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann3
https://pypi.org/project/humann/#files

安装过程以及代码

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# 测试了 conda 安装，但是使用了各种镜像都失败了... 可能是集群网络的问题
conda install humann -c biobakery --prefix=/YourPath/

# 测试 pip 安装, 即使加了各种镜像网址，依然失败...
pip3 install humann

# 尝试源码安装
wget https://files.pythonhosted.org/packages/9d/57/08aa836c56651f0a4e03f5883860a803bc4aabb2d1357df5f0d6f0841edf/humann-3.0.0a2.tar.gz

# 解压之后运行，安装程序
python3 setup.py install --prefix=/YourPath/humann-3.0.0a2

# 安装之前如果有一些依赖的软件已经装好了，可以提前加到环境变量里，不然会重新安装... 
# 比如 Bowtie， diamond 等
export PATH=/SoftwarePath/bin:$PATH

#使用, 需要将一些软件添加至环境变量，并且测试
export PYTHONPATH=/YourPath/humann-3.0.0a2/lib/python3.6/site-packages:$PYTHONPATH
export PATH="/YourPath/Python-3.6.1/bin/":$PATH
export PATH=/YourPath/humann-3.0.0a2/bin:$PATH
humann_test

#安装数据库，整个数据库大约 40G;
humann_databases --download chocophlan full humann_dbs
humann_databases --download uniref uniref90_diamond humann_dbs
humann_databases --download uniref90_ec_filtered_diamond humann_dbs
humann_databases --download utility_mapping full humann_dbs

参考链接

Anaconda 国内镜像源整理
更改pip源与conda源至国内镜像，显著提升下载速度

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